Bệnh viện bệnh Nhiệt đới tỉnh Khánh Hòa là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Sở Y tế, chịu sự chỉ đạo, quản lý về tổ chức, biên chế và công tác của Giám đốc Sở Y tế và chịu sự chỉ đạo về chuyên môn, nghiệp vụ của Bệnh viện bệnh Nhiệt đới Thành phố Hồ Chí Minh và Bệnh viện bệnh Nhiệt đới Trung ương; có chức năng tham mưu cho Giám đốc Sở Y tế tổ chức triển khai thực hiện các hoạt động khám chữa bệnh về các bệnh nhiễm trùng và truyền nhiễm trên địa bàn tỉnh; có tư cách pháp nhân, có trụ sở, có con dấu riêng và được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước theo quy định của pháp luật.

Bệnh viện bệnh Nhiệt đới tỉnh Khánh Hòa có nhiệm vụ: Cấp cứu - khám bệnh - chữa bệnh; Đào tạo cán bộ y tế; Nghiên cứu khoa học về y học; Chỉ đạo tuyến dưới về chuyên môn kỹ thuật; Phòng bệnh; Hợp tác quốc tế: Hợp tác với các tổ chức hoặc cá nhân ở ngoài nước theo đúng quy định của Nhà nước; Quản lý kinh tế trong bệnh viện.

Bên cạnh đó, Quyết định quy định về cơ cấu tổ chức của Bệnh viện bệnh Nhiệt đới gồm: Giám đốc và không quá 02 Phó Giám đốc. Các phòng chức năng: Phòng Kế hoạch tổng hợp; Điều dưỡng - Công tác xã hội - Dinh dưỡng; Tài chính kế toán; Tổ chức - Hành chính. Các Khoa chuyên môn: Khoa Khám bệnh - cấp cứu; Hồi sức tích cực và Chống độc; Nội Nhi tổng quát; Truyền nhiễm; HIV/AIDS; Xét nghiệm - Chẩn đoán hình ảnh; Dược - Kiểm soát nhiễm khuẩn (bao gồm Trang thiết bị y tế).

Số lượng người làm việc của Bệnh viện bệnh Nhiệt đới tỉnh Khánh Hòa được giao trên cơ sở vị trí việc làm gắn với chức năng, nhiệm vụ, phạm vi hoạt động và nằm trong tổng số người làm việc được giao cho Sở Y tế, thực hiện theo phân cấp của UBND tỉnh và quy định hiện hành của pháp luật.