Ngày 1-7-2025, Ủy ban nhân dân tỉnh ban hành Quyết định số 02/QĐ-UBND về cơ cấu tổ chức của Sở Công Thương tỉnh Khánh Hòa.

Theo đó, Sở Công Thương có Giám đốc, các Phó Giám đốc theo quy định cùng với 05 phòng chuyên môn và tương đương thuộc Sở gồm: Văn phòng Sở; Phòng Quản lý Công nghiệp; Phòng Quản lý Thương mại - Xuất nhập khẩu; Phòng Quản lý Năng lượng; Phòng Pháp chế. Có 01 Chi cục trực thuộc (có tư cách pháp nhân, con dấu và tài khoản riêng): Chi cục Quản lý thị trường. Trong quá trình thực hiện, căn cứ khối lượng công việc, tính chất, đặc điểm tình hình và yêu cầu quản lý nhà nước của ngành, Giám đốc Sở Công Thương đề xuất Ủy ban nhân dân tỉnh việc thành lập mới, chia tách, sáp nhập, giải thể đơn vị thuộc và trực thuộc theo quy định pháp luật, nhằm đáp ứng nhu cầu quản lý nhà nước theo chuyên ngành.

Tạm chuyển giao nguyên trạng biên chế được cấp có thẩm quyền giao cho Sở Công Thương tỉnh Khánh Hòa (trước khi sắp xếp) và Sở Công Thương tỉnh Ninh Thuận (trước khi sắp xếp) cho Sở Công Thương tỉnh Khánh Hòa mới (sau khi sắp xếp). Số biên chế trên đã tính số biên chế điều chuyển tương ứng với việc điều chuyển chức năng, nhiệm vụ và các đơn vị sự nghiệp trực thuộc.