Ngày 01/7/2025, Ủy ban nhân dân tỉnh ban hành Quyết định số 107/QĐ-UBND về việc hợp nhất Ban Quản lý Vườn Quốc gia Núi Chúa và Ban Quản lý Vườn Quốc gia Phước Bình thành Ban Quản lý Vườn Quốc gia Núi Chúa - Phước Bình.

Theo Quyết định, từ ngày 1/7/2025, Ban Quản lý Vườn Quốc gia Núi Chúa - Phước Bình được hình thành trên cơ sở hợp nhất Ban Quản lý Vườn Quốc gia Núi Chúa và Ban Quản lý Vườn Quốc gia Phước Bình trực thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh Ninh Thuận (trước khi sắp xếp tỉnh) thành Ban Quản lý Vườn Quốc gia Núi Chúa - Phước Bình trực thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh Khánh Hòa.

Sau khi sáp nhập, Ban Quản lý Vườn Quốc gia Núi Chúa - Phước Bình là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh; có tư cách pháp nhân, có con dấu, tài khoản riêng được mở tại Kho bạc nhà nước và ngân hàng theo quy định của pháp luật; chịu sự chỉ đạo, quản lý trực tiếp và toàn diện của Ủy ban nhân dân tỉnh; đồng thời chịu chỉ đạo, hướng dẫn về chuyên môn, nghiệp vụ của các Sở chuyên ngành theo quy định.

Ban Quản lý Vườn Quốc gia Núi Chúa - Phước Bình có chức năng, nhiệm vụ thực hiện trên cơ sở tiếp nhận nguyên trạng chức năng, nhiệm vụ của Ban Quản lý Vườn Quốc gia Núi Chúa và Ban Quản lý Vườn Quốc gia Phước Bình, đảm bảo tuân thủ quy định hiện hành.

Cơ cấu tổ chức, Ban Quản lý Vườn Quốc gia Núi Chúa - Phước Bình có Giám đốc và không quá 03 Phó Giám đốc. Phòng chuyên môn, nghiệp vụ có 03 phòng: Phòng Hành chính - Tổ chức; Phòng Bảo tồn tài nguyên rừng và biển; Phòng Quản lý tài nguyên và Dự trữ sinh quyển. Các đơn vị trực thuộc (là đơn vị có tư cách pháp nhân, con dấu và tài khoản riêng): Trung tâm Du lịch và Giáo dục môi trường. 

Số lượng người làm việc của Ban Quản lý Vườn Quốc gia Núi Chúa - Phước Bình thực hiện theo quy định của pháp luật hiện hành về vị trí việc làm và số lượng người làm việc trong đơn vị sự nghiệp công lập và văn bản hướng dẫn của cơ quan có thẩm quyền.