Ngày 27/8/2025, Ủy ban nhân dân tỉnh đã ban hành Quyết định số 890/QĐ-UBND về thành lập Chi cục Thủy sản và Biển đảo trực thuộc Sở Nông nghiệp và Môi trường tỉnh Khánh Hòa (sau sắp xếp) trên cơ sở hợp nhất Chi cục Thủy sản, Biển và Hải đảo tỉnh Khánh Hòa và Chi cục Biển và Thủy sản tỉnh Ninh Thuận.
Theo Quyết định, Chi cục Thủy sản và Biển đảo là tổ chức hành chính trực thuộc Sở Nông nghiệp và Môi trường, giúp Giám đốc Sở Nông nghiệp và Môi trường thực hiện chức năng quản lý nhà nước trên địa bàn tỉnh về thủy sản; quản lý chất lượng, an toàn thực phẩm trong lĩnh vực thủy sản; kiểm ngư và lĩnh vực biển và hải đảo theo quy định của pháp luật; chịu sự chỉ đạo, quản lý về tổ chức, biên chế và hoạt động của Sở Nông nghiệp và Môi trường theo quy định của pháp luật, đồng thời chịu sự chỉ đạo hướng dẫn về chuyên môn, nghiệp vụ của Cục Thủy sản và Kiểm ngư; Cục Chất lượng, Chế biến và Phát triển thị trường; Cục Biển và Hải đảo Việt Nam trực thuộc Bộ Nông nghiệp và Môi trường.
Chi cục Thủy sản và Biển đảo có tư cách pháp nhân, có trụ sở làm việc, có con dấu riêng, được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước theo quy định hiện hành; kinh phí hoạt động do ngân sách nhà nước cấp theo quy định của pháp luật.
Ủy ban nhân dân tỉnh giao Chi cục Thủy sản và Biển đảo các nhiệm vụ và quyền hạn sau:
1- Về Thủy sản: Tham mưu Giám đốc Sở Nông nghiệp và Môi trường trình Ủy ban nhân dân tỉnh ban hành theo thẩm quyền hoặc trình cấp có thẩm quyền ban hành và tổ chức thực hiện: kế hoạch bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản trên địa bàn tỉnh theo quy định; quyết định công nhận và giao quyền quản lý trong bảo vệ nguồn lợi thủy sản tại khu vực thuộc địa bàn từ hai đơn vị hành chính cấp xã trở lên; ban hành Danh mục nghề, ngư cụ cấm sử dụng khai thác thủy sản, Danh mục khu vực cấm khai thác thủy sản có thời hạn trên địa bàn tỉnh; quản lý hoạt động thủy sản trên địa bàn tỉnh; tổ chức sản xuất, khai thác thủy sản; quản lý đối với khu bảo tồn biển, khu bảo vệ nguồn lợi thủy sản; tổ chức thực hiện điều tra, đánh giá nguồn lợi thủy sản và môi trường sống của loài thủy sản theo chuyên đề, nghề cá thương phẩm trên địa bàn tỉnh;... Tham mưu quyết định thành lập khu bảo tồn biển cấp quốc gia có diện tích thuộc địa bàn quản lý; danh mục khu bảo vệ nguồn lợi thủy sản trên địa bàn tỉnh; quyết định thành lập Quỹ bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản cấp tỉnh; công bố mở, đóng cảng cá loại I; cấp, cấp lại, thu hồi quyết định công nhận, giấy phép, giấy chứng nhận, văn bản chấp thuận trong lĩnh vực thủy sản và kiểm ngư thuộc thẩm quyền của Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh theo quy định;...
2- Về quản lý tổng hợp tài nguyên và bảo vệ môi trường biển và hải đảo: Tham mưu Giám đốc Sở Nông nghiệp và Môi trường điều phối tổ chức thực hiện chiến lược phát triển bền vững kinh tế biển trên địa bàn thuộc phạm vi quản lý; tổ chức thực hiện chiến lược khai thác, sử dụng bền vững tài nguyên, bảo vệ môi trường biển và hải đảo; quy hoạch không gian biển quốc gia, kế hoạch sử dụng biển; quy hoạch tổng thể khai thác, sử dụng bền vững tài nguyên vùng bờ; lập, trình Ủy ban nhân dân tỉnh phê duyệt và tổ chức thực hiện chương trình quản lý tổng hợp tài nguyên, môi trường vùng bờ thuộc phạm vi quản lý; thực hiện các hoạt động kiểm soát ô nhiễm môi trường biển và hải đảo, các hoạt động ứng phó sự cố tràn dầu, hóa chất độc trên biển, báo cáo tình hình quản lý tổng hợp tài nguyên và bảo vệ môi trường biển và hải đảo theo quy định;...
3- Thực hiện nhiệm vụ quản lý chất lượng, an toàn thực phẩm lĩnh vực thủy sản theo phân công, phân cấp của cấp có thẩm quyền.
4- Tổ chức thực hiện việc kiểm tra, xử lý vi phạm hành chính trong lĩnh vực thủy sản trên địa bàn tỉnh theo phân cấp.
5- Thực hiện nhiệm vụ kiểm tra, tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng chống tham nhũng, lãng phí trong phạm vi quản lý nhà nước theo quy định của pháp luật.
6- Thực hiện các nhiệm vụ khác theo quy định của pháp luật và Giám đốc Sở Nông nghiệp và Môi trường giao.
Chi cục Thủy sản và Biển đảo có Chi cục trưởng và các Phó Chi cục trưởng theo quy định của pháp luật. Có 04 phòng chuyên môn, nghiệp vụ: Phòng Hành chính, tổng hợp; Phòng Nuôi trồng thủy sản; Phòng Khai thác và Bảo vệ nguồn lợi thủy sản; Phòng Biển và Hải đảo. Các đơn vị trực thuộc gồm: Trạm Kiểm ngư Nha Trang; Trạm Kiểm ngư Ninh Hòa - Vạn Ninh; Trạm Kiểm ngư Cam Ranh - Trường Sa; Trạm Kiểm ngư Đông Hải; Trạm Kiểm ngư Cà Ná. Các Trạm Kiểm ngư có trụ sở làm việc, con dấu riêng, chịu sự chỉ đạo, quản lý trực tiếp của Chi cục Thủy sản và Biển đảo.
Ngoài ra, Quyết định còn quy định biên chế công chức, số lượng người làm việc của Chi cục Thủy sản và Biển đảo được giao trên cơ sở vị trí việc làm, gắn với chức năng, nhiệm vụ, phạm vi hoạt động và trong tổng số biên chế công chức, số lượng người làm việc trong các cơ quan, tổ chức hành chính và đơn vị sự nghiệp công lập của Sở Nông nghiệp và Môi trường được cấp có thẩm quyền giao...